2378: Harry Kim, Sam Wildman und Icheb hatten die Zerstörung der Dauntless überlebt, doch nun trieben sie schon seit Wochen in ihren Rettungskapseln durch den Delta-Quadranten. Eines Tages näherte sich ein Ferengischiff und nahm sie an Bord. Sie erfuhren, wie die Ferengi in den Delta-Quadranten geraten waren: Eigentlich wollten sie nur der Rebellenzelle von Rudy Ransom (Max Burke, Marla Gilmore, Noah Lessing) helfen. Doch als sie die Rebellen heimlich durch das Barzan-System schmuggeln wollten, waren sie in ein Wurmloch geraten, das sie in den Delta-Quadranten versetzt hatte. Bei dem Transfer war jedoch der Großteil der Ferengi-Crew (u. a. auch Daimon Goss) gestorben. Von den Führungsoffizieren hatten nur Steuermann Cole und Dr. Arridor überlebt. Daher hatten sie Ransom als erfahrenen Captain gebeten, das Kommando an Bord zu übernehmen.
Niemand ahnte, dass Icheb mit seiner Rettungskapsel heimlich auch das zerstörerische Z-Virus, das einst von Lewis Zimmerman entwickelt worden war, mit an Bord des Ferengischiffs gebracht hatte...

Das klingonische Pilgerschiff von B'elanna erreichte die entgegengesetzte Seite des Delta-Quadranten. Das Schiff war durch Zufall in einen Subraumkanal der Turei geraten und dadurch in wenigen Tagen im Delta-Quadranten angekommen. B'elanna erfreute sich noch immer daran, dass ihr Leibarzt Dr. Sharak grausame Experimente an der gefangenen Kate Janeway durchführte. Janeway war eigentlich eine getarnte Agentin von Spezies 8471, doch durch ein Toxin von Sharak blieb sie dauerhaft in ihrer menschlichen Gestalt gefangen.
Die Klingonen stießen auf die Hirogen, die sich als ein sehr unterwürfiges Volk herausstellten. Sie wollten aus dem Delta-Quadranten fliehen, weil Spezies 8471 sie allmählich aus ihren Jagdgründen verdrängte. B'elanna zögerte nicht lange und gab sich bei den Hirogen als große Heilsbringerin aus. Es gelang ihr, die Hirogen zu unterwerfen, und gemeinsam starteten die Klingonen und die Hirogen einen Feldzug gegen Spezies 8471.

Captain Ransom beriet sich mit den anderen Rebellen. Sie mussten einen Weg zurück in den Alpha-Quadranten finden. Kim und Wildman berichteten ihm jedoch von ihren Erfahrungen mit der bedrohlichen Spezies 8471 und stachelten die Terraner an, den Konflikt mit den extragalaktische Invasoren zu suchen. Cole und Arridor zogen eine friedliche Lösung vor, aber die Terraner ließen sich von Kims Aufruf mitreißen.
Icheb befürchtete derweil, dass er an Bord des Ferengischiffs wieder zum Sklaven werden könnte. Daher schleuste er das Z-Virus in den Bordcomputer des Schiffs ein. Er hatte das Virus so programmiert, dass es nur auf seine Befehle reagierte, und wollte es als Druckmittel verwenden, falls die Terraner ihn misshandeln sollten. Kim und Co. ärgerten sich zwar, waren aber insgeheim beeindruckt von seinem technischen Können. Widerwillig gewährten sie ihm seine Freiheit.
Später begannen die Rebellen, Verbündete im Kampf gegen Spezies 8471 zu suchen. Sie fanden u. a. Talaxianer, Haakonianer, Vidiianer und Voth. Mit einer schlagkräftigen Flotte starteten sie einen Feldzug gegen Spezies 8471.

2379: In ihrer Hauptbasis - einer Simulation des Sternenflottenhauptquartiers auf der Erde - beobachteten die beiden Supreme Groundkeeper von Spezies 8471, die die menschliche Gestalt von Gärtner Boothby und Admiral Bullock angenommen hatten, besorgt, dass sich im Delta-Quadranten offenbar ein Zwei-Fronten-Krieg entwickelt hatte: Auf der einen Seite griffen die Hirogen unter Führung der Klingonen an; auf der anderen Seite hatte sich eine Allianz von Delta-Quadrant-Völkern unter Führung der Ferengi gebildet. Boothby und Bullock beschlossen, ihre Truppen zurückzuziehen, um ihr Kerngebiet - die Nord-West-Passage - zu sichern.

Unter Ransoms Führung gelang es der neuen Delta-Quadrant-Allianz scheinbar, Spezies 8471 zurückzudrängen. Sie konnten die Aliens bis hinter die Nekrit-Ausdehnung treiben. Zu ihrer Überraschung stieß ihre Flotte aber bald auf die entgegenkommende Flotte des Klingonen/Hirogen-Bündnisses. Ransom und Kim trafen sich mit B'elanna. Der heißblütige Kim erkannte sofort die verhasste Intendantin wieder und wollte sie attackieren, aber Ransom hielt ihn zurück. Sie hatten einen gemeinsamen Feind: Spezies 8471. Irgendetwas versteckten die Aliens in der Nord-West-Passage.
Also schmiedeten die Angreifer einen Plan: B'elanna und Ransoms bester Mann - Max Burke - sollten ein Ablenkungsmanöver initiieren, während Ransom mit einem kleinen Team die Nord-West-Passage erkunden wollte. Ransom wählte Kim, Wildman und Lessing. Icheb sollte ebenfalls mitkommen, da er sich als technisches Genie erwiesen hatte. B'elanna gab ihnen noch die falsche Janeway mit, denn sie konnte als Agentin von Spezies 8471 von Nutzen sein, entweder als Führerin oder als Geisel. (Außerdem war es B'elanna egal, ob Janeway auf der Mission umkam...) So kam Janeway endlich aus ihrem dunklen Verlies frei, doch ihr Wille war ungebrochen. Sie plante, die Operation der Rebellen zu boykottieren...

Zwei Tage später starteten Burke auf dem Ferengischiff und B'elanna auf dem Klingonenschiff ihr Ablenkungsmanöver. Sie griffen verschiedene Systeme von Spezies 8471 an. Die Pausen zwischen den Angriffen nutzte B'elanna, um an Bord des Ferengischiffs zu kommen und sich mit Burke zu vergnügen. Spezies 8471 antwortete mit einer gewaltigen Gegenoffensive. Bei einem Angriff wurde die Hälfte der neuen Delta-Quadrant-Allianz vernichtet. Auch das Ferengischiff mit Burke, Gilmore, Cole und Arridor an Bord wurde zerstört.
Trotz der Niederlage funktionierte die Ablenkung: Ransoms Team drang unbemerkt in die Nord-West-Passage ein. Sie hatten einige Schwierigkeiten, die widerspenstige Kate Janeway nicht entkommen zu lassen. Bald entdeckten sie zwischen den Subraumwirbeln gewaltige Werftanlagen. Spezies 8471 baute offenbar eine massive Invasionsflotte. Erstaunlicherweise handelte es sich um Sternenflottenschiffe der Intrepid-Klasse. Darauf angesprochen, erklärte die falsche Janeway widerwillig, dass Spezies 8471 bereits ein Paralleluniversum aufgesucht hätte (das primäre Star Trek-Universum), in dem sie auf eine mächtige Planetenallianz namens Vereinigte Föderation der Planeten gestoßen war. Von der Föderation hatten sie die Baupläne der USS Voyager gestohlen und bauten sie nun in hoher Stückzahl nach. In jenem Universum war Spezies 8471 auf zu starken Widerstand gestoßen, daher hatten die Aliens beschlossen, stattdessen lieber das weniger entwickelte Spiegeluniversum zu unterjochen. Die Mission lief unter dem Codename Broken Circle.

Harry Kim schlug einen neuen Plan vor: Sie würden eins dieser Intrepid-Klasse-Schiffe übernehmen und dann sollte Icheb das zerstörerische Z-Virus in die Flotte einschleusen. Mit dem Z-Virus konnten sie dann die Broken Circle-Flotte vernichten und so die Invasionspläne von Spezies 8471 verhindern. Janeway tobte, den sie musste disen Plan mit allen Mitteln verhindern.
Ransom und Co. setzten den Plan so um und übernahmen ein Raumschiff, das sie entsprechend ISS Intrepid tauften. Auf der Intrepid führte die falsche Janeway das Team zunächst in eine Falle. Icheb hatte aber schon damit gerechnet und war der Falle ausgewichen. Er schleuste schnell das Z-Virus in die Bordsysteme der Intrepid ein, das sich kurz darauf in Gestalt des Medizinisch holografischen Notfallprogramms manifestierte.
Zuerst konnten Icheb und das holografische Z-Virus (HZV) die gefangenen Terraner befreien. Anschließend infizierte das HZV auch alle anderen Schiffe der Broken Circle-Flotte und sorgte für eine gewaltige Explosion der Werftanlage. Die falsche Janeway erkannte ihre Niederlage und flüchtete von Bord. Da Janeway ihre genauen Koordinaten kannte, musste die Intrepid schnell fortgeschafft werden. Lessing steuerte sie aus der Nord-West-Passage, woraufhin sie mitten in den Kampf der Delta-Quadrant-Allianz und Spezies 8471 geriet. B'elannas Klingonenschiff drohte zerstört zu werden, aber Kim weigerte sich, sie in Sicherheit zu beamen. B'elanna gelang es aber dennoch, sich mit einem kleinen Team von Hirogen auf die Intrepid zu retten, bevor ihr Schiff u. a. mit Sharak an Bord explodierte...

Die falsche Janeway hatte endlich die Hauptbasis von Spezies 8471 erreicht. Boothby und Bullock machten sie für den Verlust der Broken Circle-Flotte verantwortlich. Sie bekam allerdings noch eine Chance: Janeway sollte die Intrepid wieder in Besitz nehmen und die Delta-Quadrant-Allianz zerschlagen. Wenn ihr das gelänge, würden sie ihr dabei helfen, sich wieder in ihre eigentliche Gestalt zurückzutransformieren. Janeway nahm den Auftrag mit Vergnügen an, denn sie freute sich schon auf ihre Rache an Ransom und B'elanna...

An Bord der Intrepid wurde die Rangordnung festgelegt: Rudy Ransom wurde als Captain bestätigt; B'elanna war als Herrin der Hirogen seine rechte Hand; Harry Kim wurde Waffenoffizier; Sam Wildman wurde Ingenieurin und Noah Lessing übernahm das Steuer. Icheb blieb als Sklave an Bord, durfte aber sein Technikwissen erweitern. Das HZV behielt alle Schiffssysteme unter Kontrolle, erklärte sich aber bereit, die Funktionen des Schiffs nicht zu beeinträchtigen. So begann die zusammengewürfelte Crew ihre lange Heimreise Richtung Alpha-Quadrant...